临床微生物室又称细菌室，成立于1977年，现有工作人员9名，博士研究生1名，硕士研究生2名，本科生3名，专科生3名；其中，主任技师1名，副教授2名，主管检验师2名，初级检验师1名，检验士3名。
目前，微生物室开展检测项目三十余项。拥有国际先进的微生物鉴定仪器：法国梅里埃质谱仪，准确、快速对微生物进行鉴定。采用国际领先的全自动微生物药敏仪Vitek 2 Compact，为临床发布准确可靠的药敏报告。拥有全自动血培养仪3台（1台美国BD，2台法国梅里埃）。生物安全柜4台，孵育箱3台，光学显微镜2台，荧光显微镜1台。采用恒温扩增微流控基因芯片技术快速、准确的检测12种下呼吸道感染常见的病原菌。此外，实验室还引进了恒温扩增联合胶体金技术检测结核核酸，为结核病患者提供快速诊断方法。自动离心涂片抗酸染色技术大大提高了阳性率，降低了漏检率。真菌血清学检测为侵袭性真菌病患者的早期诊断、早期治疗提供了有力的帮助。微生物室在院领导、科主任的大力支持下，在科室工作者的不断努力下，创造着越来越多的奇迹，为临床提供更多、更有利的实验室数据。
